El sindicato mayoritario de los Mossos d'Esquadra, SAP-Fepol, ha criticado la decisión de la Fiscalía de "tomar el control" de la policía autonómica en lo relacionado con el referéndum. El sindicato censura que la decisión se haya tomado "sin convocar a la Junta de Seguridad de Cataluña, responsable de coordinar la actividad de los cuerpos policiales. Además, defidente a "una institución que en ningún caso se puede ver politizada y que después de decisiones como las de este sábado se ve claramente condicionada por decisiones políticas y no por decisiones operativas". También reclama a todos los políticos que dejen de utilizar a los Mossos como herramienta política e insiste en que "continuará estando a la altura de las circunstancias".
Los Mossos d'Esquadra han declarado que continuarán ejerciendo sus competencias "para garantizar la seguridad y el orden público y estar al lado del ciudadano". En un mensaje de Twitter, la policía catalana asegura que seguirá "trabajando como hasta ahora". El pronunciamiento del cuerpo llega poco después de que el consejero de Interior, Joaquim Forn, rechazara la "injerencia del Estado" al querer asumir la coordinación de los Mossos de cara a la celebración del referéndum del 1 de octubre
